Efter mer än 30 års tjänstgöring som en av flygvapnets bästa piloter, är Pete "Maverick" Mitchell där han hör hemma - en modig testpilot som ständigt tänjer på gränserna och undviker den befordran som skulle komma att hålla honom nere på marken istället för uppe i luften. När han tränar en grupp avgångselever från Top Gun för ett specialuppdrag som ingen pilot någonsin utfört tidigare, träffar Maverick löjtnant Bradley Bradshaw, även kallad "Rooster" - sonen till Mavericks bortgångne vän, radar-officeren löjtnant Nick Bradshaw, även känd som "Goose".

Filmen utspelar sig fyra år efter att Isla Nublar förstörts. Dinosaurier lever nu - och jagar - i människors närhet över hela världen. Denna bräckliga balans kommer att omforma framtiden och avgöra, en gång för alla, om människor kommer att förbli de främsta rovdjuren på den planet som de nu delar med historiens mest skrämmande varelser.